После перезагрузки вы не можете зайти через putty с root, но порт 22 работает.

И если не работает после сброса через rescue mode.

Значит проблема в другом.

Сбрасываем обратно в rescue mode. Монтируем и проверяем содержимое файлов passwd и passwd- через nano.

Проверяем файл:

nano /etc/passwd

И этот файл:

nano /etc/passwd-

Если у этих файлах у вас такое:

root:x:0:0:root:/root:/usr/bin/zsh

То надо сменить на такое:

root:x:0:0:root:/root:/bin/bash

Иногда можно ставить ПО и оно может переключить Bash на Zsh и не возможно будет зайти с putty.
После всех операций не забываем демонтировать диск и запустить сервер в стандартном режиме с диска.