Сбрасываем сервер в rescue mode режим, заходим в консоль putty и делаем следующие шаги.

Смотрим список дисков:

fdisk -l

Ищем на каком разделе у вас установлена ОС.

Монтируем диск этого раздела, в моем случае это sda2:

mount /dev/sda2 /mnt

Заходим на монтированный диск:

chroot /mnt

Меняем пароль для ОС:

passwd

Сейчас мы находимся в ОС с монтированного диска, с нее надо выйти.

Пишем команду

exit

Демонтируем раздел sda2 командой:

umount /mnt

Загружаем сервер в обычном режиме и готово.

Подробно о монтировании дисков: клац.