Понадобилось конвертировать видео файлы на сервере в mp4 для интернет плеера.

Команда для конвертации:

ffmpeg -i "input.mkv" -vcodec h264 -map 0:0 -acodec aac -map 0:1 "output.mp4"

input.mkv — входной файл видео
output.mp4 — выходной файл видео
-vcodec h264 -map 0:0 — конвертировать видео в h264 для интернета
-acodec aac -map 0:1 — конвертировать вторую аудио дорожку в AAC

Иногда есть проблемы если нужная аудио дорожка записана не первой, а второй например.