Как можно обновится/сменить со стабильной версии на бета версию без переустановки?

Вот так:

Открываем файл /usr/local/mgr5/etc/repo.version
Меняем в нем stable на beta
Чистим кэш пакетов, команда зависит от вашей ОС.
Запускаем команду /usr/local/mgr5/sbin/licctl fetch ispmgr
Запускаем команду /usr/local/mgr5/sbin/pkgupgrade.sh coremanager