VPS зависает при обновлении и вообще туго работает. Решил узнать в чем причина, проблема в свободном пространстве в папке /boot была. Обновление yum update тоже не пускало писало что папка boot заполнена.

[root@bill ~]# df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda2        98G  3.7G   94G   4% /
devtmpfs        1.4G     0  1.4G   0% /dev
tmpfs           1.4G     0  1.4G   0% /dev/shm
tmpfs           1.4G  8.5M  1.4G   1% /run
tmpfs           1.4G     0  1.4G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/vda1       240M  214M  9.8M  96% /boot
tmpfs           278M     0  278M   0% /run/user/0

Папка boot заполнена, ее надо очистить. Сперва надо посмотреть список установленных ядер:

rpm -q kernel

kernel-3.10.0-693.5.2.el7.x86_64
kernel-3.10.0-693.11.1.el7.x86_64
kernel-3.10.0-693.11.6.el7.x86_64
kernel-3.10.0-693.17.1.el7.x86_64
kernel-3.10.0-693.21.1.el7.x86_64

Этой командой можно очистить старые версии ядер, --count=2 количество их:

package-cleanup --oldkernels --count=2

После перезагрузите систему и готово.